С началом Великой Отечественной войны навигационное оборудование пришлось погасить. Но задача обеспечения безопасности плавания судов флота осталась. Она только усложнилась из-за минной опасности и противодействия сил противника. Штатное навигационное ограждение было переведено в разряд манипулируемого с разработанными вариантами режима горения, характера, цвета огня и схем управления. Личный состав манотрядов и групп совместно с маячниками обеспечивал минные постановки, проводку кораблей в осажденный Севастополь, он участвовал во всех десантных операциях флота.

Во время одного из налетов немецкой авиации весь штатный состав Заднего Инкерманского маяка погиб в убежище от прямого попадания крупнокалиберной бомбы. Вместе с маячниками А. Павловым, Иващенко и его семьей погибли старшины и краснофлотцы манотряда (всего 28 человек).

25 июня 1942 года противник вышел к Инкерманским высотам. В это время Севастополь готовился встретить прибывающую на лидере «Ташкент» и эсминцах «Бдительный» и «Безупречный», сторожевом кораблей «Шквал» и трех тральщиках 142-ю морскую стрелковую бригаду – последнее крупное пополнение. Необходимо было срочно восстановить Инкерманский створ маяков: не только пробиться через лежащий в руинах и охваченный огнем Севастополь, но, выйдя к линии фронта, на виду у противника развернуть прожекторные огни в строго определенных точках и включить их ночью для кораблей. Задание было выполнено манипуляторной группой во главе с лейтенантом И. Бараховским. При этом погибли два моряка. Лидер «Ташкент» вывез из Севастополя две тысячи жителей города и раненых воинов, восемьдесят пять кусков полотна знаменитой Панорамы «Оборона Севастополя 1854–1855 гг.»